食品無菌凈化車間生產加工時須注意：原料選擇，注意控制有毒有害成分和新鮮狀態，選擇沒有污染、綠色食品原料，不能選擇過期變質成分。控制食品無菌凈化車間生產過程，注意加工過程、生產環境、清潔車間工程，防止有毒有害成分混合，防止食品添加劑濫用。

清潔食品企業嚴格管理制度，在食品無菌凈化車間操作的時候，嚴格無菌操作，防止微生物污染；操作人員進入無菌室前應先關掉紫外燈。食品無菌凈化車間應設有無菌操作室和緩沖室，潔凈度應達到1萬級，室內溫度應保持在20-24級℃，濕度保持在45-60％。超凈臺的清潔度應達到100級。無菌室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，防止污染。嚴格防止所有滅除病菌設備和培養基污染，污染者應停止使用。

食品無菌凈化車間應定期適當滅除病菌，以確保無菌室的清潔度符合要求。所有需要帶入無菌室的儀器、器械、器皿等物品應包扎緊密，并以適當的方式滅除病菌。進入食品凈化車間無菌室前，工作人員須用肥皂或其它滅除病菌，然后在進入無菌室前更換專用工作服、鞋子、帽子、口罩和手套（或用70％乙醇再次擦手）。

使用食品無菌凈化車間前，須打開無菌室的紫外線輻照，滅除病菌30分鐘以上，同時打開超凈臺吹風。操作完成后，應及時清理無菌室，然后用紫外線輻照滅除病菌20分鐘。檢查前應保持外包裝完整，防止污染。檢查前，用70％的酒精棉球對外表面進行滅除病菌。所有含有活菌的物品在水龍頭下沖洗前須滅除病菌，嚴禁污染下水道。

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